Windows ME er en oppgradering til Windows 9x, og hovedparten av programvaren for Windows 95 og Windows 98 vil fungere sammen med Windows ME. Vi sier flertall fordi programvare som et antivirusprogram eller annet verktøy som er designet for Windows 9x, ikke fungerer (eller fungerer bra) i Windows ME. Filstrukturen og konfigurasjonsfilene endres litt i Windows ME. Spill, programmer og annen programvare vil imidlertid fungere i Windows ME. Hvis programvaren ikke fungerer, bør den ha en oppdatering slik at den kan fungere.